大南澳南、北溪沖積而成,過去有一部份為海灣,因兩溪帶來大量的泥沙堆積,形成一洪涵原,並在此匯流出海。此區平均海拔在80公尺以下,屬沉水海岸的亞壯年期海蝕地形,形狀相當複雜;除舊海灣之一主灣外,尚有4個副灣:南溪灣、北溪灣、鹿皮灣和南澳灣。這些副灣已被沖積扇堆積物充填而呈急坡,在其邊緣有小規模的低位段丘,如南澳村西南約1公里處的柑仔頭附近,高度80公尺,崖高5公尺;南澳村附近高度30公尺,崖高亦5公尺。
原南澳溪河口之東,有相當大面積的陸地,因斷層運動,此陸地與本溪下游陷落,沉沒於水中,嗣後尚有若干沉降,於河口附近形成溺谷海灣,又因岩屑埋積與地盤上升,海灣逐漸陸化為洪涵地,灣口附近因河川堆積作用成為平原上的孤山,名曰「龜山」,與陸地連繫而成為陸繫島。
大南澳溪口三角洲地勢平坦,因處於颱風經常路過途徑上,每每颱風過境,挾帶狂風暴雨,洪水氾濫,在築堤整治之前,係處於惡劣與不穩定的環境中,故平原上的聚落都建於山腳處。
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